Die Geschichte des heutigen Thüringer Pfarrvereins reicht bis in die erste Hälfte des 19. Jahrhunderts zurück. Pfarrer schlossen sich zu Kreispredigervereinen zusammen, um die Gemeinschaft untereinander zu pflegen, ihre theologischen Bildung angesichts schlechter Bezahlung durch Lesezirkel und kleine Bibliotheken zu verbessern und um sich in sozialer Hinsicht gegenseitig zu unterstützen.

Nach der Gründung der Thüringer Landeskirche Im Jahr 1921 schlossen sich auch die sieben Thüringer Pfarrvereine zum "Thüringer evangelische Pfarrverein" zusammen.

Die Zeit des Nationalsozialismus überstand der Pfarrverein trotz innerer Zerreißproben und konnte nicht von den Deutschen Christen vereinnahmt werden. Aber 1951 wurde überraschend das Konto des Vereins beschlagnahmt und der Verein durch das Amtsgericht Eisenach gelöscht ohne dass der Veranlasser bekannt geworden wäre. Zwischenzeitlich bestand er unter kirchenbehördlichem Schutz als "Standesvertretung der Pfarrerschaft der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Thüringen" weiter. In den Jahren bis 1989 wurde die Standesvertretung vom Pfarrverein der Württembergischen Landeskirche unterstützt und konnte seine Mitglieder in der Zeit wirtschaftlicher Not nicht unerheblich unterstützen.

Zu Beginn der neunziger Jahre gründete sich der "Thüringer Pfarrverein e.V." neu.